วัตถุประสงค์ในการจัดสร้างพระพุทธมหาวชิรอุตตโมภาสศาสดา เพื่อให้เป็นพระพุทธรูปแกะสลักหินประจำรัชกาลที่ 9 และเพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 9 เนื่องในมหามงคลที่ทรงครองราชย์ 50 ปี โดยเมื่อเริ่มแรกในปี พ.ศ.2527 สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปรินายก ได้เริ่มศึกษาความเป็นไปได้ของการจัดสร้างพระพุทธรูปแกะสลักขึ้นที่หน้าผาเขาชีจรรย์ ซึ่งตั้งอยู่ในอำเภอบางละมุง จังหวัดชลบุรี อยู่ห่างจากวัดญาณสังวรารามไปทางใต้ประมาณ 2 กิโลเมตร เขาชีจรรย์มีความสูงประมาณ 169 เมตร แต่เดิมเขาชีจรรย์ได้ถูกการระเบิด เพื่อนำหินไปใช้ประโยชน์มาเป็นเวลาหลายปี ส่วนที่เหลืออยู่เป็นหน้าผาสูงชัน เหมาะที่จะแกะสลักพระพุทธรูปไว้บนหน้าผาหิน เพราะนอกจากจะเป็นการสร้างปูชนียสถานทางพระพุทธศาสนาแล้ว ยังเป็นการอนุรักษ์เขาชีจรรย์ให้คงสภาพที่ควรเป็น

จนกระทั่งเดือนพฤศจิกายน 2533 คณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ( กปร. ) ได้แต่งตั้งคณะกรรมการกำหนดรูปแบบพระพุทธรูปแกะสลักที่หน้าผาเขาชีจรรย์ โดยได้มอบหมายให้กรมทรัพยากรธรณีสำรวจร่วมกับผู้เชี่ยวชาญด้านการ แกะสลักหินจากประเทศสาธารณรัฐประชาชนจีน ( มณฑลเสฉวน ) เกี่ยวกับคุณลักษณะสภาพหินผาเขาชีจรรย์ ว่าสามารถสร้างพระพุทธรูปในเนื้อหินตามธรรมชาติของเขาชีจรรย์ได้เฉพาะแบบนูนต่ำหรือลายเส้น คณะกรรมการฯ จึงได้ทำเป็นโครงการฯ แล้วนำความขึ้นกราบบังคมทูล เพื่อทรงทราบและพระราชทานพระราชวินิจฉัย เมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2535 และเมื่อทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระบรมราชวินิจฉัยแบบพระพุทธรูปแล้ว สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปรินายก ได้กราบทูลเชิญสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯสยามมกุฎราชกุมารให้ทรงเป็นองค์ประธานอำนวยการโครงการฯ พร้อมกันนี้ กปร. ก็ได้ดำเนินการขอใช้ประโยชน์จากกองทัพเรือ ( ฐานทัพสัตหีบ ) และกรมที่ดิน

บริเวณที่ 2 สวนพฤกษศาสตร์ มีเนื้อที่ประมาณ 184 ไร่ อยู่ด้านเหนือ เป็นสวนพฤกษศาสตร์สมบูรณ์แบบแห่งแรกในประเทศไทย มีหลักการจัดแบบอนุกรมวิธานและนิเวศวิทยา ซึ่งเป็นหัวใจของสวนสาธารณะระดับนคร เป็นที่รวบรวมพันธุ์ไม้ต่างๆ ของไทย รวมทั้งไม้ที่หายากและสมุนไพร มีอาคารเรือนกระจกสำหรับพันธุ์ไม้ต่างประเทศ และพืชที่ต้องการควบคุมอุณหภูมิ พร้อมทั้งสวนนานาชาติ เช่น สเปน ฝรั่งเศส อิตาลีและอังกฤษ สวนในส่วนนี้จะใช้เป็นประโยชน์ในทางวิชาการ เป็นแหล่งค้นคว้าวิจัยเผยแพร่ความรู้ทางพฤกษศาสตร์แก่นักเรียน นักศึกษา รวมทั้งประชาชนทั่วไป

บริเวณนี้มีการปลูกสร้างอาคารต่างๆ ดังนี้ จิออเดสิกโดม เป็นอาคารรวบรวมพันธุ์ไม้ทะเลทราย อาคารพันธุ์ไม้ในร่ม สวนญี่ปุ่น เรือนกล้วยไม้ อาคารถกลพระเกียรติจิออเดสิกโดม เป็นโดมหรืออาคารที่รวบรวมต้นไม้ในทะเลทราย แทนที่จะปล่อยให้มันอยู่แบบธรรมชาติในพื้นที่ทุรกันดาร กลับได้รับการดูแลอย่างดี หลังคาโดมทำด้วยวัสดุพิเศษ เพื่อควบคุมอุณหภูมิ ข้างในมีเทอร์โมมิเตอร์ใช้วัดอุณหภูมิให้อยู่ระหว่าง 40 องศา ซึ่งอากาศภายในโดมจะร้อนกว่าข้างนอก ภายในอาคารมีตะบองเพชรหลากหลายชนิดทั้งจากสหรัฐอเมริกา ญี่ปุ่นและไทย บางชนิดไม่ได้อยู่ในเมืองร้อนอย่างเดียว อยู่ในเมืองหนาวก็มาก ขณะนี้มีตะบองเพชรที่รวบรวมไว้ประมาณ 200 กว่าชนิด